Một vài con số thập lục phân hầu như hoàn toàn giống với những con số trong hệ thập phân (kể cả đối với con người và máy vi tính). Vì thế mà chúng thường được ký hiệu theo một quy tắc nhất định.

Dưới dạng in ấn, ký hiệu của hệ thường được chỉ định bởi một hậu tố, chẳng hạn 5A316, 5A3SIXTEEN[cần dẫn nguồn], hoặc 5A3HEX.

Trong các ngôn ngữ lập trình cho máy vi tính - hầu như luôn luôn dùng văn bản đơn thuần (plain text), không hề có sự phân biệt về chữ viết trên, hoặc chữ viết dưới như trong in ấn - rất nhiều cách để đánh dấu số hệ thập lục phân đã xuất hiện. Những cách đánh dấu này còn được thấy trong chữ in, đặc biệt là những nội dung có liên quan đến một ngôn ngữ lập trình.

Một số ký dụng thường thấy trong ngôn ngữ:

• Ada và VHDL gói những số thập lục phân dùng gốc của hệ, điểm chỉ bằng con số biểu đạt gốc, chẳng hạn "16#5A3#". (Chú ý: Ada chấp nhận phương thức ký dụng này cho các hệ, từ nhị phân cho đến thập lục phân, cho cả hai loại số nguyên (integer) và số thực (real)).
• C và những ngôn ngữ lập trình có ngữ pháp tương ứng (như C++, C#, Java và Javascript) dùng tiền tố "0x" cho các số thập lục phân, chẳng hạn "0x5A3". Số không (0) dẫn đầu được dùng để bộ thanh lọc mã (parser) có thể trực tiếp nhận biết một con số, trong khi chữ "x" đại biểu cho chữ hexadecimal (thập lục phân) - (đối chiếu với 0 đại diện cho bát phân (octal)). Chữ "x" trong tiền tố "0x" có thể được viết hoa (0X) hoặc viết thường (0x), song thường thấy được viết thường.
• Các shell của *nix (phần mềm dùng để thao tác các mệnh lệnh với máy tính, trong các hệ điều hành tương tự như UNIX) dùng mã escape bằng tổ hợp ký tự "\x0FF" trong các biểu thức (expression), và dùng "0xFF" đối với các hằng số (constant).
• Trong HTML, những ký hiệu hệ thập lục phân cũng được biểu thị với cách dùng chữ "x": ֣ sẽ tương đương như ֣ – với trình duyệt web của bạn ֣ và &#1443 theo thứ tự; (dấu trong tiếng Hebrew Hebrew accent munah). Các mã chỉ định màu sắc dùng hệ thập lục phân thường được biểu đạt với tiền tố "#", chẳng hạn "#FFFFFF" (màu trắng).
• Một vài ngôn ngữ assembly chỉ định thập lục phân bằng cách cho thêm chữ "h" vào đuôi (nếu con số bắt đầu bằng một chữ, đồng thời đứng sau một con số 0, chỉ định rằng nó là một con số), chẳng hạn "0A3Ch", "5A3h".
• Postscript chỉ định thập lục phân dùng tiền tố "16#".
• Common Lisp dùng tiền tố "#x" hoặc "#16r".
• Pascal, và các assembler khác (AT&T, Motorola), và một vài phiên bản BASIC dùng tiền tố "$", chẳng hạn "$5A3".
• Ngôn ngữ lập trình Smalltalk dùng tiền tố "16r". Chú ý Smalltalk còn chấp nhận biểu thức <gốc hệ số>r<dãy các con số> - gốc hệ số là một số từ 2 trở lên (ví dụ: 2r1110 bằng 10r14 hoặc 16rE), với sự hạn chế trên thực tiễn vì các ký tự và con số đều nằm trong các ký tự của bộ ASCII, 0-9 và A-Z. Một số phiên bản của Smalltalk cho phép các con số thập phân đứng sau dấu chấm "." biểu đạt số chấm động thập lục phân (floating point number) (và các gốc hệ số khác nữa).
• Một số phiên bản BASIC, đặc biệt là những ngôn ngữ là biến thể của nó do Microsoft tạo ra như QBasic và Visual Basic, các tiền tố để biểu đạt số thuộc hệ thập lục phân, như "&H", ví dụ: "&H5A3"; những cái khác như BBC BASIC chỉ dùng "&" (được dùng để biểu đạt hệ bát phân (octal) trong BASIC của Microsoft).
• Những ký hiệu như X'5A3' cũng đôi khi được thấy; PL/I dùng ký hiệu như vậy.
• Donald Knuth giới thiệu cách dùng các loại chữ khác nhau để biểu diễn cơ số của hệ đếm trong sách của ông The TeXbook. Trong hệ thống ký hiệu của ông, số thập lục phân được biểu đạt bằng những dòng chữ kiểu chữ đánh máy (typewriter type), ví dụ: 5A3

Vì không có một quy định thống nhất nào nên tất cả những quy ước trên đều được dùng, đôi khi, ngay cả trong cùng một bài viết. Song vì quy ước của chúng khá rõ ràng và biệt lập nên ít khi có những trắc trở xảy ra.

Ký hiệu thường dùng (và thường gặp) nhất là tiền tố "0x" hoặc ký hiệu viết số 16 xuống dưới (subscript-based), đều chỉ số thập lục phân. Chẳng hạn cả hai số 0x2BAD và 2BAD16 đều cùng đại diện cho số thập phân 11181 (hoặc 1118110).

Trong những thời kỳ đầu của lịch sử máy tính, sự lựa chọn những con chữ từ A đến F để thay thế cho những con số tiếp theo, chưa được chấp nhận trên toàn thế giới. Trong những năm sau 1950, một số công trình cài đặt máy tính, ưa lựa chọn cách dùng các số từ 0 đến 5, cùng với một cơ cấu mã (macron), để biểu thị giá trị từ 10 đến 15. Những người dùng máy tính Bendix thì lại dùng chữ "U" đến chữ "Z".